Октобра 1945. године, послије договора Министарстава просвете Србије и Хрватске у ФНРЈ о повраћају културних добара однијетих током Другог свјетског рата у Загреб, Србији је враћено само оно што је припадало црквама и манастирима са територије Србије. На челу ове Комисије, као управник Музеја и подносилац Захтева, налазио се проф. др Радослав Грујић. У прољеће 1946. године у Београд је стигло 11 вагона црквено-уметничких предмета. Велике цјелине – попут иконостаса, где је то било могуће враћене су манастирима, док су остали појединачни предмети похрањени у депоу Музеја.

Истовремено са овим процесом, Министарство финансија је маја 1946. године на захтев Министарства просвјете донијело Одлуку о раскидању уговора са Српском Православном црквом о коришћењу Конака кнегиње Љубице за Црквени музеј. Као привремено рјешење, ова институција смештена је у окриље зграде Патријаршије. (Зграда Патријаршије српске у Београду подигнута је у периоду између 1933. и 1935. године. Патријарх српски Варнава ангажовао је руског архитекту Виктора Лукомског (1884-1947) да изради пројекат по коме ће на мјесту старог здања Београдске митрополије бити подигнуто ново здање. Структура просторија унутар Патријаршије таква је да су оне резиденцијалне, пословне, репрезентативне и богослужбене намене. Међу њима су посебно значајне дворана за засједање Светог Архијерејског Сабора, свечани салони двора Патријарха Српског у оквиру кога је и соба високог госта, капела Светог Симеона Мироточивог и просторије у којима су смештене најзначајније адинистративне и црквене институције) Адаптиране су просторије за сталну поставку и одређен је простор за депо.

После извршене рестаурације и конзервације експоната, стекли су се услови да стална поставка Музеја буде отворена за посетиоце 1954. године, у време Патријарха Викентија.