Приједлог и идејно-теоријску основу за стварање музеја у коме ће се изучавати народни живот саставио је историчар Стојан Новаковић, редовни члан Српског ученог друштва (данашња Српска академија наука и умјетности). Разноврсни етнографски предмети међу којима је било земљаног и металног посуђа, накита, амајлија, предмета од стакла и текстила, оружја, алата, ускршњих јаја и осталих музеалија пренесени су у Задужбину Стевче Михаиловића – кућу коју је Михаиловић тестаментом завештао ,,народу србском за вечити спомен моији и то у тоји целји да се од ње начини музеј за Краљевину србску“.
За чувара (управника) Музеја постављен је др Сима Тројановић, а за првог кустоса је, нешто касније, именован Никола Зега. Прве године постојања и рада Етнографског музеја биле су посвећене откупу предмета и представљању Краљевине Србије у свијету. Предмети су прикупљани на теренским истраживањима по тадашњој Србији и сусједним земљама у којима је живео српски народ.
Свечано отварање прве сталне изложбе Етнографског музеја уприличено је 20. септембра 1904. поводом прославе стогодишњице Првог српског устанка.
Током Првог свјетског рата уништен је велики број експоната, документација и библиотека. Након рата предузета су нова теренска истраживања како би се попуниле збирке. Музеј је тих година ређе гостовао у иностранству. Музејска библиотека је обновљена 1920. и данас посједује око 60.000 публикација међу којима је око 33.000 књига и око 27.000 часописа из области етнологије, антропологије и сродних наука. У периоду између два светска рата израђени су Нов инвентар свих предмета и Азбучни регистар, установљено је Одјељење за музички фолклор и Илустративно одјељење, а предмети су разврстани према материјалу од ког су израђени.
Од оснивања Музеја до данас стручно се прикупљају и проучавају музејски предмети и етногенетски процеси, традиционална материјална култура, друштвени односи и породични живот, обичаји, вјеровања и народно стваралаштво.
Током Другог светског рата музејски предмети су запаковани и склоњени из дотадашње зграде Музеја. После рата Музеј је пресељен у зграду Београдске берзе на Студентском тргу број 13. Данас се у збиркама Музеја чува више од 120.000 музеалија међу којима је око 50.000 етнографских предмета.
Проучавају се обиљежја српске културе, али и обиљежја других етничких заједница које живе у сусједству. Осим прикупљања експоната, од шездесетих година ХХ века, као сталан вид рада у Музеју, уводи се тимско истраживање етнографских области сјевероисточне и западне Србије. Резултати истраживања објављују се у стручним и научним часописима и каталозима. У Етнографском музеју у Београду се организују повремене и сталне изложбе. До данас је приређено осам сталних изложби и више стотина повремених изложби у земљи и иностранству.